El Consejo de Gobierno es el órgano colegiado que ostenta las funciones ejecutivas y administrativas de la Ciudad de Ceuta. Está integrado por el Presidente y los Consejeros, que serán nombrados y separados libremente por el Presidente, dando cuenta a la Asamblea. El Presidente podrá nombrar, de entre los Consejeros, uno o más Vicepresidentes con las competencias que, en cada caso, le sean asignadas.
Las competencias y atribuciones de este órgano colegiado están fijadas por el denominado Reglamento de Organización, Funcionamiento y Régimen Jurídico del Consejo de Gobierno de la Ciudad de Ceuta, donde se establece que éstas serán las fijadas en el Estatuto de Autonomía, con la excepción de las reservadas a la Asamblea y al presidente, y que se ejercerán "de acuerdo con la estructura orgánica y funcional de la Ciudad de Ceuta". En cualquier caso, las competencias determinadas son 15, de las cuales las más significativas son las siguientes:
- Determinar las directrices de acción política de la Ciudad así como su desarrollo.
- Desarrollar reglamentariamente las normas aprobadas por la Asamblea, en los casos en que aquellas lo autoricen expresamente.
- Desarrollar las normas dictadas por la Asamblea sobre organización y funcionamiento de los servicios administrativos de la Ciudad.
- Proponer a la Asamblea la iniciativa de reforma del Estatuto de Autonomía.
- Solicitar la reunión en sesión extraordinaria de la Asamblea de la Ciudad.
- Someter a la aprobación de la Asamblea la propuesta de convenios a celebrar con cualquiera de las Comunidades Autónomas y con la Ciudad de Melilla, y los acuerdos de cooperación con los citados Entes Territoriales, que fueran precisos, no siendo dicha propuesta preceptiva ni vinculante por la Asamblea.
- La elaboración del Presupuesto de la ciudad para su elevación a la Asamblea para su examen, enmienda y aprobación.
- La ejecución del Presupuesto de la Ciudad y su sometimiento a la Asamblea para su control, rindiendo a la Asamblea la Cuenta General del mismo.
- Ejercer las atribuciones que le deleguen.
- Cualquier otra atribución que le venga atribuida por alguna disposición legal o reglamentaria, y en general, deliberar sobre aquellos asuntos que, por su importancia y repercusión en la vida de la Ciudad aconsejen la deliberación o el conocimiento del Consejo.